Các đơn vị trực thuộc Công ty gồm 15 phòng, 11 đơn vị sản xuất, 2 đơn vị phục vụ và đời sống:

Các phòng Nghiệp vụ:
   Văn phòng công ty
   Phòng Tổ chức nhân sự
   Phòng Bảo vệ quân sự
   Phòng Kế hoạch
   Phòng Thị trường
   Phòng Kế toán thống kê tài chính
   Phòng Vật tư vận tải
   Phòng Y tế

Các phòng kỹ thuật:
   Phòng Kỹ thuật Công nghệ
   Phòng Điều độ sản xuất
   Phòng Kỹ thuật an toàn
   Phòng Điện-Đo lường-Tự động hoá
   Phòng Cơ khí
   Phòng Kiểm tra chất lượng sản phẩm
   Phòng đầu tư xây dựng

Các đơn vị sản xuất - kinh doanh:
   Phân xưởng than
   Xưởng nước
   Xưởng nhiệt
   Xưởng tạo khí
   Xưởng Amôniắc
   Xưởng Urê
   Xưởng vận hành và sửa chữa điện
   Xưởng Đo lường-Tự động hoá
   Xưởng sửa chữa và lắp đặt thiết bị hành chính
   Phân xưởng than phế liệu
   Xưởng NPK

Các đơn vị đời sống - xã hội:
   Nhà văn hoá
   Phân xưởng phục vụ đời sống