Các đơn vị trực thuộc Công ty gồm 15 phòng, 11 đơn vị sản xuất, 2 đơn vị phục vụ và đời sống:
Các phòng Nghiệp vụ:
Văn phòng công ty
Phòng Tổ chức nhân sự
Phòng Bảo vệ quân sự
Phòng Kế hoạch
Phòng Thị trường
Phòng Kế toán thống kê tài chính
Phòng Vật tư vận tải
Phòng Y tế
Các phòng kỹ thuật:
Phòng Kỹ thuật Công nghệ
Phòng Điều độ sản xuất
Phòng Kỹ thuật an toàn
Phòng Điện-Đo lường-Tự động hoá
Phòng Cơ khí
Phòng Kiểm tra chất lượng sản phẩm
Phòng đầu tư xây dựng
Các đơn vị sản xuất - kinh doanh:
Phân xưởng than
Xưởng nước
Xưởng nhiệt
Xưởng tạo khí
Xưởng Amôniắc
Xưởng Urê
Xưởng vận hành và sửa chữa điện
Xưởng Đo lường-Tự động hoá
Xưởng sửa chữa và lắp đặt thiết bị hành chính
Phân xưởng than phế liệu
Xưởng NPK
Các đơn vị đời sống - xã hội:
Nhà văn hoá
Phân xưởng phục vụ đời sống